厚樸的病害是葉枯病、根腐病、立枯病和煤污病；蟲害是褐天牛，應注意防治。
1、厚樸立枯病
立枯病病原有非侵染性和侵染性兩類。非侵染性發病主要是因為圃地積水、土壤板結、覆土過厚及以烈日曝曬等引起，使種芽腐爛，苗根窒息腐爛或日灼性猝倒。侵染性發病主要是病菌所致。病菌在土壤中越冬，早春播凍后就開始活動，在土壤溫濕度適宜的情況下，侵染幼苗；另一方面病苗又為病菌提供養分，使其大量繁殖，從而繼續傳染。早澇霜凍土壤粘重、排水不良的圃地或在幼苗出土后2個月內連續下雨、土壤含水量太大或土溫過高時發病均重。此外，前茬種棉花、馬鈴署、花生、番茄、大豆、瓜類的園地或老苗圃地做苗床時易于發病；使用沒有充分發酵的堆肥、廄肥，施用過量的氮肥，種子處理不當或采用遮陰育苗措施等亦易引起病害。立枯病的癥狀，有4種類型：第一種腐爛型，主要發生在幼苗尚未出土時，種子或幼芽產生腐爛現象；第二種梢腐型，發生在幼苗出土后莖梢腐爛，幼苗死亡；第三種猝倒型，發生在幼苗出土后1個月左右，在接近地面的苗莖基部腐爛變成褐色，使苗木倒狀；第四種根腐型，發病時苗木根部腐爛、枝莖生暗黑斑紋，繼而全株枯死。立枯病常發生于苗期，并多發生在梅雨季節。苗木發病后蔓延迅速，常造成成片死亡。
其防治方法主要是提高育苗技術，把好“三關”，即“土壤關、種子關、水肥關”。
“土壤關”就是要選好苗圃地，不用過于陰濕地作苗圃地，圃地應設置良好的排水體系，防止積水，并做好苗圃地的土壤消毒工作。土壤消毒，每平方米可用1%～3%硫酸嚴鐵液4.5千克噴灑或撒施11克～15克硫酸亞鐵粉末后翻土;也可用福爾馬林50毫升加水6千克～12千克澆灌澆完后用草袋覆蓋10天。
“種子關”就是要在做好選種、種子消毒、催芽等工作的基礎上適時、適量進行播種。
“水肥關”就是在苗木生長過程中要做好合理的灌溉和施肥工作，防止旱澇發生，促使幼苗健壯生長。
在防治病害時可采用化學藥劑預防，常用1：1：100的波爾多液（即由1份硫酸銅、1份生石灰加100份水配制而成），每平方米用藥液112克，在苗木出土后，每隔10天左右噴灑1次，連續4次～5次，對立枯病的防治效果顯著。化學藥劑防治是一項重要的防治措施，但絕不可代替一系列的培育壯苗的技術措施。 發現病株后，應立即將病株拔掉并燒毀，同時挖出帶病菌的土，回填新土。每平方米用1.5克70%五氯硝基苯拌土37.5克撒到帶病菌的地上或撒生石灰消毒，以防止蔓延。同時要多施鉀肥如草木灰類增強苗木抗病能力。用50%托布津1000倍～1500倍液或50%多菌靈1000倍～1500倍液澆灌病株根部；也可用福爾馬林進行土壤消毒；還可用濃度為2%～3%的硫酸亞鐵（青礬）藥液進行噴灑，過10分鐘至30分鐘后再噴１次清水，洗掉葉面上的藥液，以免發生藥害。
2、厚樸葉枯病
耕地過淺，幼苗木、林木根系生長發育不良，土壤貧瘠且保水、保肥力差，基肥不足，天氣干旱以及苗、林生長過密等不利于苗木生長發育的環境條件均可導致厚樸葉枯病的發生。發病初期葉片病呈黑褐色，圓形，直徑0.2厘米～0.5厘米以后逐漸擴大布滿全葉導致葉片干枯而死。病菌在土壤中越冬，翌年借風雨傳播。一般在7月開始發病，8月至9月為發病盛期，10月以后病害逐漸停止蔓延。高溫、高濕最有利于病菌的侵染。
病害的防治應注重于改善環境條件和采取適當的育苗措施，以促進幼苗旺盛生長，增強其抗病能力；同時輔以化學藥劑防治，以減輕或抑制病害的發生。具體措施如冬季清除病葉，集中燒毀或深埋以減少病菌的來源；發病后及時摘除病葉；每隔7天～10天噴1次1：1：100波爾多液或50%退菌特800倍液，連續噴灑2次～3次等。
3、厚樸苗木根腐病
發病時間：苗木根腐病主要危害苗期，病源菌為尖孢鐮菌，6月下旬開始發病，7～8月為發病盛期施。
防治措施：主要有選好圃地，選擇排水良好，地下水位低，向陽的地段種植，其次精耕細作，在作苗床前，每公頃用敵克松原粉，拌適量細土，均勻撒入圃地表土層中，進行土壤消毒，最后加強管理，發現病株馬上拔除集中燒毀，根據病情，噴灑65％敵克松與黃心土拌勻后撒在苗木根莖部，50％多菌靈500倍液灌入病株附近苗木根部，可以控制病害蔓延。
4、厚樸煤污病
發病時間：由真菌中的一種子囊菌引起。多發生在海拔300米以下通風不良的陰坡林地。當日平均氣溫在13°(10°～22°)，并有霧露，厚樸煤污病就會迅速蔓延發生。是厚樸林內的最主要病害之一，各厚樸產區均有發生。發病時厚樸樹干和葉面有一層煤煙狀物，葉片脫落，生長衰弱。
防治措施：主要有營林措施和病蟲害化學防治相結合，首先要防治厚樸新麗斑蚜、日本壺鏈蚧，控制誘發煤污病發生的蟲源，其次要控制林分密度，使林地通風透氣。發生期噴1：1：120波爾多液，每隔10～14天噴1次。連續2～3次。
5、厚樸褐天牛
幼蟲危害植株莖干
防治方法：成蟲盛發期（5—7月），在裂口處刮除卵粒及初孵幼蟲；幼蟲蛀入木質部后，見樹干上有新鮮蛀孔，即用鋼絲鉤殺；或用藥棉浸80%敵敵畏原液塞入蛀孔，用泥封口，毒殺幼蟲。
