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　　生物菌肥的施用，根據土壤的不同選擇合適的生物菌肥這樣才能更好的達到效果。
　　一是土壤濕度。
　　土壤含水量過大或不足都會影響生物菌肥的施用效果。因為生物菌肥中含有的生物菌大部分是好氧菌，它在土壤見干見濕時生命力才活躍。所以，施用生物菌肥后一定要注意合理澆水，最好選擇晴天上午澆小水，這樣不僅能提高地溫，還能通過放風排濕。澆水后最好進行劃鋤，以此來增加土壤通透性，利于生物菌發揮效果。
　　二是土壤溫度。
　　據了解，生物菌肥中的生物菌一般在土壤18℃-25℃時生命活動最活躍，15℃以下時生命活動開始降低，10℃以下時活動能力已很微弱，甚至處于休眠狀態。因此，大棚蔬菜施入菌肥后要注意調控好地溫。這就需要首先控制好棚內的氣溫，以氣溫促地溫回升。一般棚內氣溫白天應保持在25℃-30℃，夜間棚內溫度低，為避免地溫散失，除了采取地膜覆蓋外，可在操作行內覆蓋作物秸稈。
　　三是土壤酸堿度。
　　土壤pH值在6.5-7.5時最適合生物菌的繁殖，菜農可根據自己土壤的情況進行改造，以保證生物菌大量繁殖。
　　另外，在施用生物菌肥后，還要注意增加土壤有機質，也就是增施有機肥。因為生物菌肥的作用是靠生物菌分解土壤中的有機物來實現的，如果土壤中的有機肥施用不足，那么它是分解不出養分來的。