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目前人們關于化肥對農作物品質影響的誤解，一是認為化肥使蔬菜、瓜果等作物營養品質、風味、口感等變差了，二是認為化肥使作物安全品質下降了。其實，這都是片面偏聽一面之詞造成的誤解。

作物營養品質、風味、口感下降

  影響農作物營養品質、風味及口感等品質指標變化的因素包括品種、環境和包括施肥在內的農業措施等；而多年來以高產為目標選育品種，且在選育中忽視品質性狀，是造成品質變化的主要原因?；蕦r作物品質的影響取決于其施用是否合理。因施化肥而導致瓜果、蔬菜口感變差、風味不好等問題通常只發生在不平衡施肥，尤其是施氮過量的條件下；而大量的科學實驗和生產實踐已經證實，在平衡施用化肥的條件下，品質指標不僅不會下降，反而會顯著改善。與其說蔬菜、水果風味等品質的下降是因施化肥而引起的，不如說是因為施肥方法不合理而引起的。有機肥與化肥配合施用在一定程度上能夠改善農作物的品質，但有機肥的不合理施用同樣會產生上述品質問題。

作物硝酸鹽含量過高

除了品種因素外，蔬菜等作物硝酸鹽含量過高的直接原因是土壤有效氮含量過高，而引起土壤有效氮含量過高的主因顯然并不只是化肥。大量調查資料分析表明，在蔬菜生產氮素總投入中，來自化肥的不超過50％，而來自有機肥的氮與之大致相等。另外，有研究結果表明，即使是在單施有機肥條件下，若其用量過大，也會產生蔬菜硝酸鹽過量的問題；而在單施化肥條件下，只要用量合理，施用得當，還會造成作物硝酸鹽含量超標。因此，將硝酸鹽問題的責任強加于化肥是片面的。

作物重金屬污染

首先，造成農作物重金屬污染的主因是工業“三廢”對農田的污染，其影響大于施肥。第二，即使考慮到肥料中所含重金屬的影響，這種影響是否到了環境不能承載的嚴重程度，尚無定論。以鎘污染為例，盡管長期施用含鎘磷肥會增加土壤鎘含量，但國外相當多的定位試驗都揭示出這種增加過程非常微弱。中國磷肥鎘含量低，在目前的平均施磷量條件下達到污染的程度，可能需幾百甚至上千年時間。即使在某些施磷量較多的作物和土壤上，只要注意控制磷肥用量并選擇低含鎘量磷肥，土壤鎘污染也會控制在允許范圍之內。第三，與有機肥相比，化肥對農作物重金屬污染的影響可能要小得多。盡管有機肥中鎘含量不高，但因施用量大，長期對土壤鎘含量的影響并不亞于單施化肥。這一點已為Rothamsted試驗站自1850年起進行的定位試驗所證實。在該試驗中，每年施有機肥35噸/公頃的土壤，鎘含量增加的幅度大于施用磷肥的。由于中國很多地區的農作物，尤其是蔬菜生產，有機肥的施用量遠遠超過上述水平，因此，由于機肥大量施用而引起的類似問題可能比化肥更為突出。第四，相當多的長期定位試驗結果表明，盡管施用磷肥會在一定程度上增加土壤重金屬（如鎘）含量，但對于是否會增加農作物鎘含量尚無定論。在一般條件下，因磷肥促進農作物生長對重金屬“稀釋”的正作用，足以彌補因施磷肥引起的農作物內重金屬含量提高的負作用。