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浸種的方法主要有清水浸種、熱水浸種、藥水浸種和微量元素浸種等。

  （1）清水浸種 將種子浸入到清潔的常溫水中，最好是用井水，水溫可調至20～30℃。種子投入到清水后，要撈去浮在水面的癟子、果皮等物，再換清水浸泡。浸種所使用的工具和清水不能有油污，否則影響種子呼吸。浸種時水的用量不可過多，以種子全部浸沒或水面略高于種子為宜。種子吸水后逐漸膨脹，等種子充分吸脹時，浸種工作結束，再反復多次搓洗，除去種皮外的粘液，用清水洗凈。晾干后，以手摸清爽，不粘手，籽粒間不粘連為度。辣椒浸種時間為8～12小時，浸種時間的長短與水溫有關，在一定范圍內，隨溫度的增高，種子的吸水速度也加快。

  （2）熱水浸種 熱水浸種前，先將種子放在常溫水中浸15分鐘，可促使種子上的病原菌萌動，易燙死，然后將種子投入55～60℃的熱水中燙種15分鐘，水量為種子體積的5～6倍。燙種過程中要及時補充熱水，使種子受熱均勻，要不斷攪拌，直至水溫降到30℃左右時才可停止攪拌，也可在達到燙種時間后將種子轉入30℃的溫水中繼續浸泡4小時。處理時要用溫度計一直插在熱水中測定水溫，以便隨時按要求調節。種子量較少時，可先將種子裝在紗布袋中，燙種時連袋浸入水中，達規定的時間后可迅速將種子轉入30℃的溫水中繼續浸泡；種子數量較多時，可用細孔網簍代替紗布袋。

  （3）藥水浸種 采用藥水浸種時，應嚴格掌握藥水的濃度和浸種時間。種子浸入藥水前，要用溫清水先預浸4～5小時，種子在藥水中浸過后要立即多次用清水沖洗。

  ① 硫酸銅浸種：先將種子用清水浸4～5小時，再用1%的硫酸銅溶液浸5分鐘，取出種子用清水沖洗干凈后再播種或催芽，或用1%的生石灰浸一下，中和酸性后再播種。也可以取出種子陰干后，拌少量熟石灰粉或草木灰，中和酸性后再播種。該法對防止炭疽病和瘡痂病的效果較好。

  ②升汞水消毒：先將在清水中浸泡過4～5小時的種子，用0.1%升汞水消毒5分鐘，取出種子用清水并且沖洗干凈，再催芽、播種或晾干備用。該法對防治瘡痂病效果較好。

   ③鏈霉素液浸種：已在清水中浸泡4～5小時的種子，用1000毫升/升的農用鏈霉素液浸種30分鐘，水洗后再催芽。該法對防止瘡痂病、青枯病效果較好。

   ④磷酸三鈉浸種：將已清水浸泡過的種子，用10%的磷酸三鈉水溶液浸種20～30分鐘，浸后用清水沖洗干凈。該法對防止病毒病效果較好。

    ⑤1%次氯酸鈉浸種：5～10分鐘，種子經藥劑處理后要用清水淘洗數遍，然后置于常溫水中浸種8～12小時。

    ⑥微量元素浸種：用0.002％的硼酸或0.02％的硫酸銅、硫酸鋅、硫酸錳等溶液浸泡辣椒種子5～6小時。有促進早熟、增產的作用。