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　　棉籽從軋出到播種約須經過5～6個月的時間。在此期間，如果溫濕度控制不適當，就會引起棉胚內部游離脂肪酸增多，呼吸旺盛，微生物大量繁殖，以致發熱霉變，喪失生活力。因此棉花種子的貯藏非常關鍵。
　　一、棉花種子貯藏前的準備工作
　　1．棉花種子的準備。①棉籽入庫前，要進行一次檢驗，要選擇飽滿成熟的霜前棉花種子。飽滿成熟的棉花種子種皮結構致密而堅硬，外有蠟質可防御外界溫、濕度的影響，種皮內含有約7.6%的鞣酸物質，具有一定的抗菌作用，耐藏性好。未成熟的棉花種子不耐貯藏。②剔除破損粒、霉爛粒，病蟲粒，做好防蟲滅蟲工作。③嚴格控制棉花種子安全入庫標準：水分不超過11%～12%，凈度不低于99.5%，發芽率在90%以上。這三項指標中有一項達不到即為不合格棉花種子，不能入庫貯藏。
　　2．倉庫的準備。①倉庫的全面檢查，隔熱和密封效果是否完好，監控倉庫溫、濕度的儀表是否能正常工作等。②清倉和消毒：將倉內不同品種的棉花種子、雜質、垃圾等全部清除，還要清理倉具、輸送管道以及鏟除倉外的雜草等；并進行空倉消毒，可用敵百蟲或敵敵畏等處理。
　　二、合理堆放棉籽可采用包裝和散裝。散裝雖對倉壁壓力很小，但也不宜堆得過高。一般只可裝滿倉庫容量的一半左右，最多不能超過70％，以便通風換氣。堆裝時必須壓緊，可采用邊裝邊踏的方法把棉籽壓實，以免潮氣進入堆內使短絨吸濕回潮。棉籽入庫最好在冬季低溫階段冷籽入庫，可延長低溫時間。但是當堆內溫度較高時，則應倒倉或通風散熱。
　　三、嚴格控制水分和溫度棉籽水分在12％以下，可以較長時間保管，貯藏方式可以用露天圍囤散裝堆藏；冬季氣溫過低，須在外圍加一層保護套，以防四周及表面棉籽受凍。水分在12％～13％以上的棉籽要注意經常測溫，以防發熱變質。如水分超過13％以上，則必須重行晾曬，使水分降低后，才能入庫。棉籽要降低水分，不宜采用人工加溫機械烘干法，以免引起棉纖維燃燒。
　　四、貯藏期管理
　　1．溫度檢查：入冬以后，水分在11%以下，每隔5～10天檢查1次，12%以下則應每天檢查。溫度檢查應在倉內的不同方位、不同層次各置溫度計一支，定時定點進行觀測。
　　2．適時通風：通風必須根據倉庫內外的溫度和相對濕度而定。當外界溫、濕度均低于倉內時，是通風的最佳時機，此時通風既可降溫又可排濕；當倉外溫度與倉內溫度相同，而倉外濕度低于倉內或倉內外濕度基本相同，或倉外溫度低于倉內時，也可以通風，前者以散濕為主，后者以降溫為主
　　3．質量檢測：貯藏期間要定期檢查棉花種子質量，以便及時了解棉花種子的貯藏情況，檢測通常包括棉花種子發芽率試驗，水分測定、游離脂肪酸測定、健子率測定，如發現問題應及時解決，如加強通風、晾曬、倒倉等。
　　4．殺蟲：棉籽入庫前如果發現有蟲，可在軋花后進行高溫曝曬，或將60℃左右的熱空氣通過種子5分鐘，再裝袋悶2小時，可將棉紅鈴蟲殺死。也可在倉內沿壁四周堆高線以下設置凹槽，在槽內投放殺蟲藥劑，當越冬幼蟲爬入槽內時便可將其殺死。
　　5．防火.棉籽有短絨，本身含油量又高，干燥的棉籽遇到火種容易引起燃燒，而且在開始燃燒時往往不易察覺，被發覺時已釀成火災。在管理上要特別注意防火工作。嚴禁火種接近棉籽倉庫，倉庫周圍不能堆放易燃物品。工作人員不能在庫內吸煙。在庫內甚至不能發生鐵器碰撞現象，以免產生火花引起火災，離開時要及時關閉電源。
　　五、脫絨棉籽的保管脫絨棉籽是指經過脫絨機械或硫酸處理過的種子。這些棉籽因經過處理，其外殼雖然未破碎，但種皮一般都受到機械磨損或腐蝕，透水性增加，比較容易受外界溫、濕度的影響，不耐貯藏。在貯藏過程中容易引起發熱現象。所以，對脫絨棉籽應多檢查，在堆法上應采用包裝通風垛或圍囤低堆等形式。