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農藥使用不當會對植物生長發育產生不良的影響，或使農作物品質下降，產量降低，甚至無收成。這就是農藥對植物的藥害。藥害可以分為急性和慢性兩種。急性藥害在施藥后幾小時或幾天很快出現藥害現象。如焦灼、穿孔枯黃、變色或畸形，果實上出現各種銹點、褐斑、色點等藥斑；根發育不良或形成黑根、雞爪根；種子不發芽或幼苗畸形，嚴重的造成落葉、落花、落果等，甚至全株枯死。慢性藥害在施藥后并不很快出現藥害現象，但植株生長發育受到抑制，經過較長時間才表現出生長緩慢、矮化發育不良，開花結果延遲，落花落果增多，低產，品質差。此外，前茬使用的農藥，遺留在土壤中，可以對下茬作物產生藥害。引起藥害的原因很多，主要是以下三個因素：
一、藥劑因素藥劑的理化性質與植物的藥害關系最大。一般情況水溶性強的分子小的無機農藥易產生藥害。一些油劑能堵塞作物的氣孔而造成藥害；農藥的品質差，使用后易產生藥害；農藥混用不當，產生藥害；藥劑濃度過高，超過了植物承受的能力而產生藥害；重復噴灑或連續噴灑、施藥和拌藥不均勻易產生藥害。
二、植物因素 不同農作物、同一作物的不同品種，或同一品種的不同生育期對農藥的敏感性有很大差異。在作物的發芽期、幼苗期、花期、孕穗期以及嫩葉、幼果上施藥，易產生藥害。
三、環境因素 高溫加強藥劑的活性和植物的代謝作用，易產生藥害。含有機質少的、或砂性強的土壤中施藥，易產生藥害；藥劑浸種或拌種后的種子，播在干旱的土壤中易產生藥害，降低發芽率等。