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微生物殺蟲劑是利用微生物的活體制成的。在自然界，存在著許多對害蟲有致病作用的微生物，利用這種致病性來防治害蟲是一種有效的生物防治方法。從這些病原微生物中篩選出施用方便、藥效穩定、對人畜和環境安全的菌種，進行工業規模的生產開發，從而制成微生物殺蟲劑。

　　微生物殺蟲劑主要可分為真菌、細菌和病毒三類。在其他微生物中，放線菌一般利用其代謝產物抗生素，而不直接利用其活體作殺蟲劑。原生動物、線蟲和立克次氏體等微生物的利用研究得很少，尚未實用化。

　　真菌殺蟲劑

    已發現的昆蟲病原真菌約750種寄生范圍很廣，但開發成殺蟲劑的不多，已試驗成功并有一定規模應用的有：利用白僵菌防治馬鈴薯甲蟲、大豆食心蟲、松毛蟲和玉米螟；利用綠僵菌防治金龜子、孑孓；利用湯普森多毛菌防治柑橘銹螨；利用輪枝孢防治溫室蚜蟲；利用座殼孢防治粉虱和介殼蟲等。

　　細菌殺蟲劑

    微生物殺蟲劑中研究開發最成功的是利用芽孢桿菌作殺蟲劑，主要品種為蘇云金桿菌，已廣泛應用于農作物、森林、糧倉和蚊蠅等的防治。蘇云金桿菌發現于20世紀初，30年代開始實用化，50年代即有工業生產，70年代以來發展較快，80年代全世界年銷售額超過2000萬美元。中國在70年代已大量生產，有青蟲菌、殺螟桿菌等許多商品名稱。蘇云金桿菌有很多變種，其芽孢內含毒蛋白晶體，通稱δ-內毒素是殺蟲的主要成分。當孢子進入害蟲消化道后毒素被活化使害蟲麻痹癱瘓而死。由于各變種所含蛋白晶體的結構不同，其毒力和適用的害蟲對象也不同。例如應用較廣的寇氏變種用于防治鱗翅目幼蟲;以色列變種用于防治孑孓。其他已開發利用的細菌殺蟲劑還有日本甲蟲芽孢桿菌，用于防治金龜子幼蟲頗有效。

　　病毒殺蟲劑

    寄生于農業害蟲的病毒已發現約 200種，有些已被開發作為病毒殺蟲劑。其中大多數屬于桿狀病毒的核多角體病毒，少數是顆粒體病毒。昆蟲病毒有高度的專一寄生性通常一種病毒只侵染一種昆蟲而對他種昆蟲和人無害，因此不干擾生態環境。但由于病毒只能用害蟲活體培養增殖，使大規模工業生產受到限制。已經小規模商品化的病毒殺蟲劑多數用于防治鱗翅目害蟲，例如棉鈴蟲、舞毒蛾、斜紋夜蛾、天幕毛蟲、菜粉蝶等。中國在80年代已廣泛試驗推廣病毒殺蟲劑。