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褐腐病又稱白腐病、濕泡病等病菇幼時受侵，無法進一步分化發育，后期形成畸形菇，常在表面著生一層“白毛”，即其病原菌菌絲體。溫度在20℃以上時，4～5天的時間，病菇色澤變暗，繼而腐敗，滲出褐色（醬油狀）液汁并腐爛、發臭；低于20℃，該過程變長。子實體中期受侵時，菌蓋出現褐色病斑，菌柄呈腫脹粗胖狀，繼之菇休變軟。切開病菇，發現其內部由白色變為烏白色，菇體軟腐后為烏褐色。該病病原菌為疣孢霉。

　　褐斑病 又稱干泡病、黑斑病等。早期發病時，使原基不規則發生，畸形發展；侵染幼菇時，可使菌柄出現褐色條紋，菌蓋上布有褐色斑點，病菇向一側生長。切開病菇觀察，其組織內部呈黃褐色、干燥、松散，但菇體不腐爛、無臭味。該病病原菌為輪枝霉。

　　軟腐病又稱霜霉病、濕腐病等。菇床被病菌灰白色菌絲覆蓋后，變為暗灰綠色或暗褐色，食用菌菌絲因缺乏氧氣和受病菌分泌物毒害而失去活力，此后很難出菇；病菇從基部發病，并向上伸延至菌蓋，菌蓋初期出現淡褐色大小不一的水漬狀病斑，繼之即被病菌所覆蓋，繼爾腐爛，手觸即倒。該病病原菌為樹狀葡枝霉。

　　銹斑病 又稱斑點病。病原菌在菌蓋上形成鐵銹色（暗黃紅）病斑，邊緣整齊，中間凹陷，斑點干縮后，菌蓋裂開，菌柄及菌褶上較少染病，水珠聚集在菌蓋表面久不散發時，該處發病率高。該病為細菌性病害，病原菌為托蘭氏假單孢桿菌。

　　黃斑病 染病初期菌蓋上有小斑點狀淺黃色病區，隨菇的生長而擴大，并傳染其他子實體，繼之色澤變深，并擴大到整個菌蓋，染病后期菇體分泌出黃褐色水珠，病株停止生長，繼爾萎縮、死亡，該病為細菌性病害，病原菌為假單孢桿菌。

　　以上病害在持續高溫，高濕、通風不良的環境下，加之選用菌種不良、生產工藝不當、環境臟亂，導致發病率較高，故防治時要遵循“以防為主，綜合防治”的原則：①提倡熟料栽培。發酵拌料時加入適量的阿姆斯增溫發酵劑、凈霉靈、必潔士及立信菌王等，增強本身抗病能力。②嚴格發酵、滅菌、接種及培養等工藝，避免發菌期高溫。覆土材料要用甲醛處理。老菇棚用硫磺熏蒸。③頭潮菇采收后停水2天，噴1次波爾多液等。連噴2次，現蕾后再噴1次。覆土栽培的，頭潮菇后用波爾多液漫灌。④發病初期及時摘除病菇，刮除料面，噴灑100倍蘑菇祛病王溶液、波爾多液、有效氯150毫克/升的漂白粉溶液、100～200國際單位的農用鏈霉素等。床栽的要清除病料，并撒石灰粉、漂白粉，消除傳染源，避免人為傳播。