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　　一看整齊度。混有其他稻谷的雜交水稻種子粒型不整齊，混入的父本和其他秈稻，明顯比雜交水稻種子細長飽滿，粳稻谷則較圓。
　　二看谷殼色，雜交水稻種子谷殼上略帶不均勻的黃褐色等生理性雜色，而父本保持系谷粒顏色較為統一，保持系和其他混雜谷粒比雜交水稻種子透明度高，谷殼比雜交水稻種子光滑。
　　三看柱頭痕跡，非雜交水稻谷粒因多屬于自花授粉，雌蕊柱頭痕跡遺留在谷殼內部，剝開谷殼在米粒頂部可見一點淺黑色的柱頭痕。而雜交種屬異花授粉，柱頭外露，仔細觀察谷粒內外稃夾縫中間，可發現一點不明顯的黑色柱頭痕跡，這是識別雜交水稻種子和其他稻粒的重要依據。
　　四看染色，測定方法是把稻谷殼胚部縱切成兩半，取每粒的一半洗凈放入稀釋成60倍液的紅墨水中浸漬，1小時后取出用清水沖洗，如果種胚沒染色或染色較淺，證明種子有生命力；若染色較深，證明種子已喪失活力。這樣便可識別出雜交種子里不發芽的變質種子。
　　五看種子凈度，用手抄一下種子，十指沾有細粉狀物，證明種子純凈度達不到國家規定的標準（99％）。
　　六看種子水分含量，簡便的方法是用牙咬谷粒，如有尖脆響聲，則含有量基本正常；若無尖脆聲或谷粒斷面不整齊，則種子含水量一般高于正常標準（13%）。