木瓜對農藥較敏感，因此乳劑及較刺激性的農藥慎用。定植后每15-20天固定噴灑殺蟲及殺菌之藥劑，如發現害蟲嚴重時應立即殺蟲。結果時期噴灑農藥需添加展著劑。木瓜主要的病蟲害有疫病、炭疽病、輪斑病、病毒病和螨、蚜類蟲害，一經發現，應盡早尋找對應農藥處理。
1、輪點型毒素病（Ringspot virus）
此病危害特別嚴重，俗稱" 狂株"（花葉病），經由有翅蚜蟲和機械傳播，傳染迅速，其病癥是心葉黃化縮小，葉背有水浸狀、輪狀或點狀病斑，病葉比正常葉片小，葉緣干枯葉片脫落，只剩頂端一束新葉，甚至全脫落而致植株死亡。病株的葉柄和莖部亦較短小。花瓣上也出現油浸狀斑紋，往往開花不能結果，果實上出現圓形、橢圓形、連續或不連續的輪點斑。病株無法繼續結果。座果小，糖度低，品質差，失去商品或使用價值。防治法如下：
（1）利用網室栽培
（2）栽培耐病品種
（3）苗接種弱病交叉保護
（4）套袋并間作玉米
（5）園內和附近避免栽植西瓜、南瓜、胡瓜、甜瓜等中間寄主瓜類作物
（6）時時檢查，一旦發現病株馬上拔掉集中燒掉，病穴撒2兩石灰，工具用10倍磷酸三鈉消毒，人手用肥皂水消毒。
（7）徹底清除園內及周邊附近患病木瓜。
（8）經常性噴藥控制（植病靈、病毒必克），并噴硝酸鉀。
（9）嚴禁果園內吸煙。
2、炭疽病(Antehracnose)
病源菌為Colletorichum glolosporiodes，危害果實和莖葉。果實自開花后即會感染，到采收后貯藏期間顯現病癥，果實表面先發生近圓形，微凹陷的褐色病斑，隨果實成熟，斑點逐漸擴大、凹陷，最后轉變為黑色而腐爛。其防治法如下：（葉斑病、白粉病、瘡痂病、白星病與之相似）：
（1）清除病葉，收集病殘物燒毀。
（2）藥劑防治：滅病威、多菌靈、施保功、甲基托布津、福美雙。
（3）開花后、果實采收前七天，用80%鋅錳乃浦（大生45）可溫性粉劑烯釋1000倍，每7-10天噴一次。
（4）果實采收后，浸于49度溫水內20分鐘，再浸入冷水20分鐘，取出涼干；或用100倍殺菌劑浸果處理。
（5）高溫期采收的果實，應攤開在通風陰涼處。
3、疫病(phytophthora blight)
病源菌為phytophthorapalmivora，俗名"水傷"，高溫多濕尤其雨后易發生，下部、靠樹干或相疊的果實首先發生。最初分泌白色乳液，繼生白色霜狀物，病斑迅速擴大，果實萎縮變為棕黑色而落果，最后成黑色木乃伊化果實。其防治方法如下：
（1）實施輪栽，并注意通氣排水。
（2）雨季每隔7-10天，噴霧代森鋅錳可濕度粉劑1000倍液一次。注意噴及果實內側，并加展著劑。
（3）迅速清除病株、病果并燒毀或深埋。
4、白粉病(Powdery mildew)
病源菌為Oidium caricae，低溫干燥時易發生，初呈圓形白色微點，漸變白粉狀，頂部葉片向上樹立，葉色黃化枯萎，后期呈現黃色油狀不規則點或塊狀分布，葉柄與葉片都脆弱易斷折。防治方法如下：
（1）注意通風和排水
（2）發病時噴射50%免賴得（Benlate）可溫粉劑或穩達達8000-10000倍或布端莫乳劑（可利生）8000-10000倍，每隔10天噴一次，連續三次。
5、根莖腐病（Root rot）
苗期、連作地、雨后易發生，根莖部變軟、腐爛，葉部由下而上，黃化脫落。防治法如下：
（1）避免連作，拔除病株；
（2）注意排水
（3）藥劑防治：敵克松、多菌靈、五氯硝基苯。
6、苗枯病（Damping off）
幼苗基部與土壤交接處，稍呈淺黃褐色，幾天后即倒折萎死。防治法如下：
（1）避免在高溫多雨季節育苗
（2）用塑料布防雨。
（3）不可密植、深植和灌水過多。
（4）培養土宜用清潔園土或加消毒。消毒方法有燒土、蒸汽消毒、溴化甲烷熏蒸等。
（5）發病初期噴雷多米爾、瑞毒霉、殺毒礬、普力克、多氧清等。
7、蒂腐病（Stem-end rot）
果實采收后由果梗開始發病向內延伸，呈黑色而腐爛。防治法：
采收時用刀割取，并留果蒂一公分，可減少發病。
8、缺硼、塊腫病（Deformed-fruit disease）
幼苗葉色變淺黃，葉緣下卷，并有明顯葉斑和穿孔，葉肉變脆易碎，有些如爪狀；果實果肉表面分泌牛奶乳狀分泌物，并慢慢變色，后期果實表面變粗糙或出現瘤狀，這種畸形是木瓜缺硼的最敏感指示。
防治如下：
（1）葉片噴施硼砂400倍
（2）土壤施硼，5克硼砂均勻撒在根系周圍，忌過量。
9、紅蜘蛛（Red spider）
苗期、高溫干燥時易發生，危害葉背和葉柄處，使葉片呈不規則狀，葉面粗糙，葉片變黃，幼葉變脆，側芽數增加。其防治法如下：
（1）用克螨特或三氯殺螨醇等，每隔10-15天噴一次。；
（2）利用天敵生物防治，即釋放草蛉或螨。
10、白蜘蛛(white mite or Broad mite)
危害幼樹的心葉，引起葉面粗糙、革質、畸形、變小、葉柄短、腋芽叢生、生長緩慢、開花結果均停止。其防治法為：
用2%阿巴汀（壹等勇）乳劑2000倍或溫性硫磺粉300或50%，每隔10-15天噴心葉葉背一次，到新葉無畸形為止。
11、銹蜱（Rust mite）
又名銹壁蟲，吸食用果實汁液，使果實呈茶褐色革質下陷。其防治法同紅蜘蛛。
12、赤圓介殼蟲（Scale）
吸食葉片、莖及果實的汁液，減低產量和品質。其防治方法：
滅介可、大功臣、一遍凈、敵殺死或樂果，每10-15天噴一次，連續三次。
13、果蠅
成熟果實發生，當果實采收后不要把熟果掉在地下以免成為果蠅的食物來源。
14、根流線蟲(Root knot nematode)
疏松的砂質土壤易發生，根部初呈大小腫瘤，繼而褐色枯腐，植株營養不良，缺乏水分，生長停滯，易凋萎，葉片轉黃，果實小而無味。
15、蝸牛（Snail）
食害幼苗、嫩心和花蕾，每年4-10月間危害最烈。其防治法如下：
（1）選擇空曠無雜草處育苗。
（2）早晚時行人工捕捉。
（3）幼苗定植后用大塑料袋圍套保護。
（4）每平方公尺內撒聚乙醛、蝸立死（Aritox）10-15粒誘殺蝸牛，蝸牛食用少量即致死，剩余的還繼續使用。
16、薊馬
育苗期、新定植時及開花期（花內）易生，注意防治。
17、蚜蟲
馬拉硫磷、抗蚜威、一遍凈、愛福丁。
18、毒蛾
銳勁特、速滅殺丁、敵殺死、除盡。
19、毛蟲
樂斯本、敵敵畏。
20、地下害蟲（蠐螬、小地老虎、蛞蝓）
敵百蟲、樂果、辛硫磷，噴灑或撒施毒土。
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