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銀耳袋栽因生長周期短，且屬中溫型恒溫結實菌類，兩種菌絲混合體的生物學特性與眾不同，在管理上只要稍有疏忽，都會導致欠產或全部失收。綜合各地技術性失敗原因剖析如下：菌袋基質欠佳。表現在接種后雜菌污染嚴重，主要原因是料袋滅菌不徹底；料袋質次，多針孔，以致污染嚴重；也有因培養料配制時水分過高，發菌慢引起雜菌污染；拌料裝袋時間延長，袋溫高，微生物活躍，其料酸敗，菌種無法吃料定植。
    栽培季節不當。在自然氣溫條件下銀耳室內栽培以春秋為宜，但有的栽培戶盲目提前或延遲接種，結果春遇寒流，秋遭高溫，菌絲處在逆境下生長纖弱。尤其秋栽氣溫不穩定，特別是遇高溫菌絲受損，影響出耳和產量。
    接種把關不嚴。接種室及工具消毒不徹底，接種室四周環境衛生差或靠近食品釀造廠房；操作人員衣物帶雜入室；不按無菌操作要求接種，導致雜菌污染。
    發菌控溫不好。銀耳接種后頭3天為萌發期，4－12天為生長期，對溫度的要求，萌發期不超過30℃，生長期不超過28℃。有的栽培者沒有很好掌握這個極限溫標，秋栽發菌時超溫不采取疏袋散熱等措施，致使菌絲受高溫危害，穴口吐黑水，發生爛耳；春栽發菌時遇到春寒，沒及時加溫，使菌絲長時間處于低溫，結果穴口吐白色粘液，都直接影響出耳和產量。
    開口擴穴誤期。菌袋開口增氧的適合菌齡，通常分：開小口的為10天左右，過2－3天撕掉膠布，再過2天割膜擴穴，三道工序15－16天，如采用一次性完成的，其菌齡14－15天。栽培戶常因開口擴穴時間拖延，使袋內菌絲嚴重缺氧導致生長衰弱，出耳困難或不齊而欠產。
    噴水增濕過量。菌袋開口增氧蓋紙后，未及時噴水，袋內呼吸旺盛，水分蒸發快，穴口菌絲干枯，原基難以形成。有的栽培者一見原基形成，就仿照黑木耳疏基一樣進行噴槍直沖，把原基沖走。銀耳原基為一粒或一朵，噴水過量，影響出耳率和幼耳；加之關門噴水，通風不良，造成霉菌發作而爛耳；也有的因栽培架過高，噴水時高層噴不到水，底層又過濕，造成高低層出耳不齊，甚至高層缺水，子實體發育不良。
    房棚結構不妥。老房栽培銀耳，多為單門，缺窗口，空氣不對流，因此靠門口的通風好，長耳優，靠里面的長耳較差。有的栽培房上方不設通氣窗，噴水增濕后水蒸氣上升，下滴流淌聚在栽培架頂層的耳袋上，造成頂層菌袋爛耳。
    菌種質量差。菌種本身不純，帶有雜菌或病毒，尤其是放射菌，混在菌種內，接種后萌發力極強，壓倒銀耳菌絲，以致無法出耳；有的因香灰菌絲退化，接種后初期走勢正常，呈黑色，中途逐漸退成白色而消失，以致整批不出耳；也有因制種過程兩種菌絲配比失調，香灰菌絲過旺占優勢，而銀耳菌絲受到抑制，致使出耳緩慢或出耳率不高。
    防蟲不及時。在菌袋開口撕布前，沒有噴灑農藥，開口后螨蟲鉆進穴口咬吃菌絲，無法出耳，也有的門窗沒安裝紗窗，尤其是春季原基分化成幼耳時，成群蟲嬰蚊從窗口飛入，且繁殖率極高，在穴口產卵形成幼蟲，鉆進穴內咀食菌絲，造成成批失敗。