正確的鑒定病原生物與統計其寄生強度是診斷魚類寄生蟲病和采取相應措施的重要依據。其方法如下述。
一、檢查病魚應注意的事項
1.作檢查診斷的病魚要采用活魚或剛死不久的，否則會因魚死后太久，而使某些癥狀消失或體表的病原體死亡或病原體離開宿主而無法鑒別，影響診斷結果的可靠性、正確性；
2.檢查過程中要保持魚體表面的濕潤。因魚體一經干燥，部分病征就自行消失，病原難于識別。取樣時標本（待檢病魚）應放在盛水的桶中，如路較遠，病魚應用濕布或濕紙包裹，以防干燥；
3.檢查時，分離器官應力保各器官的完整性，并分別放置，特別要注意，切莫讓各器官之病原相互污染，并保持濕潤，防止干燥；
4.所有用具要洗凈，防其相互污染，影響檢查結果。檢查應按一定的順序進行，否則會發生忙亂或遺漏。遇一時不能肯定的病原或病變的材料應留下標本，以備進一步研究。
二、檢查方法
1.現場觀察 在條件許可的情況下應察看現場，測量池中的水溫及pH值，察看水色、水源和塘面及魚群的活動與死魚的情況，了解發病的經過及已采取的措施等。詳細記錄以備作為確診時參考之用；
2.肉眼檢查 魚類的寄生蟲病有時會在有關部位出現一定的病理變化，呈現出癥狀，有時癥狀清楚，可用肉眼作現場初步診斷。但有時有些病并無特殊明顯的癥狀，或由于病原體細小或隱藏于組織器官中，肉眼難于查看。因此，凡有條件者應進行鏡檢，以保診斷之準確；
3.鏡檢 即是利用顯微鏡或解剖鏡進行檢查。主要采用水浸片法、壓片法和涂片法三種方法。
水浸片是最常用的一種。取一點受檢的組織，如鰓絲、體表潰瘍處、消化道的內含物、體表附著物或粘液等于載玻片上，加上一滴清水（或海水）用鑷子將組織分散，加上蓋玻片，稍加壓平，即可觀察。受檢組織不能放置于玻片上太多、太厚和互相重疊。
壓片法是用一些柔軟組織，如肝胰臟、肌肉、心臟、腸壁等進行檢查。取一點組織一小塊于玻片上，輕輕蓋上另一載玻片，輕壓令受檢組織壓成一透明薄片，即可觀察，無需加水。亦可用蓋玻片加壓，做成血片檢查。
涂片法適用于粘液性樣品的檢查，如血液，蝦類肝胰細胞中病毒包涵體檢查。
用于檢查的病魚應有一定的數量，以保證結果的代表性和可靠性，有條件時應檢查3~10尾。
三、檢查步驟
檢查病魚時，需按一定步驟順序進行，一般先體外，后體內。各器官的順序先后如下：⑴ 粘液、⑵ 鰭、⑶ 鼻腔、⑷ 血液、⑸ 鰓、⑹ 口腔、⑺ 脂肪組織、⑻ 胃腸、⑼ 肝、⑽ 脾、⑾ 膽囊、⑿ 心臟、⒀ 鰾、⒁ 腎、⒂ 膀胱、⒃ 性腺、⒄ 眼、⒅ 腦、⒆ 脊髓、⒇ 肌肉。
（一）肉眼檢查病魚體表
1.將病魚放在解剖盤上，首先注意其體色及肥瘦情況；體表粘液之多少或鰭條上有無小白點并與粘液相伴呈米粉狀樣結構；有無明顯病癥出現，如有無白色瘤狀物或細小白點、有無突出的“紅點”、有無炎癥出現、鱗片下有無“花紋”存在、有無“黑點”；或肉眼可見之寄生蟲的存在；頭背面有無充血等種種異常現象的出現。
2.體表檢查之后，將鰓蓋掀起，注意鰓之色澤，粘液之多少，有無白點、瘤塊之存在，鰓有無腫大，鰓絲末端是否腫大發白及是否有異物存在，鰓蓋是否外翻等變化。并注意鰭的非正常改變。
（二）鏡檢有關器官
肉眼外表檢查之后，進入解剖檢查。由于病魚的發病部位，一般常見于皮膚、鰓及腸道，故主要介紹這三個部位，余者請參照上述進行。
1.粘液
在魚類的體表，除肉眼檢查時可見的寄生蟲外，往往還有許多肉眼看不見的寄生蟲，例如口絲蟲、顫動隱鞭蟲、粘孢子蟲、小瓜蟲、車輪蟲、三代蟲以及吸蟲囊蚴等。檢查的方法是用解剖鑷刮取體表的粘液，加上蓋玻片，進行觀察。
2.鰓
檢查鰓時，先用剪刀將左右兩邊的鰓完整地取出，放在培養皿里。首先仔細觀察鰓上有無肉眼可見的寄生蟲，再看色澤如何；然后，用小剪刀剪取小塊鰓組織，放在載玻片上，加上少量清水，蓋上蓋玻片，在顯微鏡下檢查。鰓瓣是特別容易被寄生蟲侵害的器官，如各類原生動物、單殖類、復殖類吸蟲的囊蚴、蛭類、軟體動物寄生幼蟲、甲殼類等，在鰓上往往都可以找到。檢查時，每邊鰓的第一片鰓片接近兩端的位置剪取一小塊鰓絲，因為這個地方寄生蟲較集中。
檢查小型寄生蟲后，可把整個鰓放在培養皿里，加入清水（淡水或海水），將鰓小片逐片剪開，在解剖鏡下觀察。觀察時，用兩根解剖針，把鰓絲逐條拉開，仔細檢查，或用鑷子將每片鰓片的鰓上所有內含物完全刮下，放在培養皿里，用清水稀釋、攪勻后，在解剖鏡或低倍顯微鏡下進行檢查。也可用清水洗滌數次，倒棄上清液，檢查單殖類。
3.腸道
檢查腸胃時，首先要把腸的外壁上的脂肪組織，盡量除干凈，否則脂肪會混進腸的內含物，而妨礙觀察。除凈脂肪組織后，將腸管前后拉長，擺在解剖盤上。先用肉眼檢查，看腸外壁有無白點，這些白點通常是粘孢子蟲或微孢子蟲的孢囊。
肉眼檢查完后，一般分段檢查（分前、中、后三段），取腸內含物進行鏡檢，每段檢查兩片，常可見到各類寄生物，如各種原生動物、蠕蟲。
鏡檢后，將腸管剪開，如果發現大型寄生蟲，就先行取出，放在培養皿中，并注意腸管是否有潰爛、發紅發紫、或有無白點等變化。最后再用壓片法，檢查腸管。同時在作壓片法檢查之前應將腸的內含物都刮下來，放在培養皿里，加入生理鹽水沖洗攪勻，再檢查吸蟲之類寄生蟲存在與否。
四、魚病的診斷
（一）魚病的診斷
魚病診斷的目的在于通過觀察、檢查、分析，對病魚所患疾病，作出正確的判斷，以便對癥下藥，采取合理措施。
1.見到病魚后，先用肉眼觀察，注意那里有病變、病變程度等有關情況，什么病變是主要的，這樣大致就可初步確定魚患什么病。
如果病魚所出現的病癥不明顯，或單憑肉眼無法確定的疾病，應進行鏡檢。依據病魚所呈現的變化，結合病原檢查（包括病原體及寄生強度），與肉眼檢查相互配合，使初步診斷更有科學依據，更準確。
2.注意魚池的各種條件，如水溫、水質、含氧量、pH值；注意以往魚病流行情況；注意飼養管理情況，包括清塘、放養密度、投喂情況、防病情況，以及發病前后的有關變化。
3.依據檢查結果，進行分析研究，作出診斷，采取相應措施。
（二）病原體的計數標準
在寄生蟲病的診斷過程中，除確定寄生蟲的種類外，還要判斷病原體的數量，因不是有病原存在就能引起魚病，而是需寄生數量達到一定的強度時才能致病的，所以相對準確的估計病原體數量是重要的，否則會產生誤診。但具體計算中有一定的困難，如原生動物，肉眼難于看到，即使在顯微鏡下，也不能把所有的病原體逐個數清，只能采用估計法。估計法雖然不可能做到十分準確，但終究還有一個數字可憑，否則進行材料總結時，就無法說明該地區各種魚病的危害流行情況。一般采用下列標準計數：
1.記數符號用“+”表示
“+”表示有；“++”表示多；“+++”表示很多。
2.各種病原體的計數
鞭毛蟲、變形蟲、球蟲、粘孢子蟲、微孢子蟲、單孢子蟲在高倍顯微鏡視野下，約有1~20個以下的蟲體或孢子時記“+”，21~50個時記“++”，51個以上時記“+++”。
纖毛蟲及毛管蟲，在低倍顯微鏡視野下有1~20個記“+”，21~50個記“++”，51個以上的蟲體記“+++”。小瓜蟲除按上面標準計算蟲體外，如計算囊胞時，則用數字說明。
單殖吸蟲、線蟲、絳蟲、棘頭蟲、蛭類、甲殼動物、軟體動物的幼蟲，在50個以下以數字說明，50個以上者，則說明估計數字。
（附：按目鏡為10×；蟲體數為同一片中3個視野的平均數。）
在一般情況下，打上“++”的就開始少量死魚，這時在生產上就必需立即采取適宜的措施進行治療，否則可能會引起病魚大量死亡。所以劃“+”表示的方法，在生產上可起到預測預報的作用。“++”出現死魚現象，但這不是絕對，如果魚體比較瘦弱，有時“+”也可死魚。如果魚特別健壯，有時“+++”也不一定死魚，這要看具體情況。
所有的有關結果應記錄清楚存查。
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