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 1、充分干燥
對大豆來說充分干燥是種子安全貯藏的關鍵，一般長期安全貯藏的大豆水分必須在12％以下，如超過13％，就有霉變的危險。大豆干燥以帶莢為宜，首先要注意適時收獲，通常應等到豆葉枯黃脫落，搖動豆莢時互相碰撞發出響聲時收割為宜。收割后攤在曬場上鋪曬2—3d，莢殼干透有部分爆裂，再行脫粒，這樣可防止種皮發生裂紋和皺縮現象。大豆入庫后，如水分過高仍須進一步晾曬，曬干以后，應先攤開冷卻，再分批入庫。
2、低溫密閉
大豆導熱性不良，在高溫情況下又易引起紅變，所以應該采取低溫密閉的貯藏方法。一般可趁寒冬季節，將大豆轉倉或出倉冷凍，使種溫充分下降后，再進倉密閉貯藏，貯藏大豆對低溫的敏感程度較差，因此很少發生低溫凍害。為防止大豆直接從大氣中吸濕，冬季入庫的大豆表層上面應壓蓋一層經過清理和消毒的舊麻袋。可起到隔熱作用，并能保持原有的正常色澤和品質。
3、及時倒倉過風散濕
大豆在貯藏過程中，進行適當通風很有必要。適當通風不僅可以保持大豆的發芽率，還能起到散濕作用，使大豆水分下降。
新收獲的大豆正值秋末冬初季節，氣溫逐步下降，大豆入庫后，還需進行后熟作用，放出大量的濕熱，如不及時散發，就會引起發熱霉變。為了達到長期安全貯藏的要求，大豆入庫3～4周左右，應及時進行倒倉過風散濕，并結合過篩除雜，以防止出汗發熱、霉變、紅變等異常情況的發生。
4、大豆種子貯藏一般是袋裝堆垛，但不宜堆放過高，以免引起發熱、霉變、紅變現象。一般堆高2米左右。
5、不宜與化肥或農藥同貯。以免降低種子質量。