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當前，盡管有關植物提取物對植物病原菌抗菌活性的研究較殺蟲活性的研究少得多，但是，植物仍被認為是化學合成殺菌劑替代品最好的開發資源。植物源殺菌劑是利用有些植物里含有的某些抗菌物質或誘導產生的植物防衛素，殺死或有效抑制某些病原菌的生長發育。殺菌劑的種類很多，按照它的作用方式可分為三類。

　　1、植物保護劑  春天的時候，我們會經常看到園丁在樹干的底部涂上一層白色的物質，這就是保護劑的一種波爾多液。這類藥劑分布在植物體的表面后會形成一層藥膜，病原微生物接觸到藥膜后會被殺死，保護植物免受其害。這類保護劑除了波爾多液外，還有代森鋅、百菌清等。這種殺菌劑由于對植物體的副作用小，得到了廣泛的應用。

　　2、植物治療劑如果病原微生物已經浸入植物體內，但植物表現病癥處于潛伏期。這時就要使用治療劑了。使用治療劑后，藥物從植物表皮滲入植物組織內部，經輸導、擴散、或產生代謝物來殺死或抑制病原，使病株不再受害，并恢復健康。具有這種治療作用的藥劑主要有多菌靈、托布津、春雷霉素等。

　　3、植物鏟除劑指植物感病后能直接殺死已侵入植物的病原物的藥劑。這是一種強力殺菌劑。但不能用于生長期間的花卉，如果在植物的生長期用鏟除劑會對植物造成一定的傷害。鏟除劑適用于鏟除休眠期間花卉表面的病原菌，同時，對土壤也有消毒作用。這類藥劑常用的有石硫合劑、福美砷、五氯酚鈉、石硫合劑等。