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　殺菌劑是對病原微生物具有毒殺作用的化合物。殺菌劑的作用方式不同，使用方法也各異，但從根本上來說，殺菌劑防治病害的原理有3種，即化學保護、化學治療和化學免疫。化學保護就是在植物未患病之前噴灑殺菌劑預防植物病害的發生，通過施用殺菌劑消滅或減少侵染源的目的就是要減少病原菌對作物造成侵染的可能性；化學治療是在植物發病或感病后才施用殺菌劑使之對被保護的作物或者對病原菌起作用，改變病原菌的致病過程，從而達到減輕或消除病害的目的；化學免疫是利用化學物質使被保護作物獲得對病原菌的抵御能力。
　　殺菌劑的使用方法有多種，每種使用方法都是根據病害發生的規律設計的。常見的使用方法主要有：對田間地上作物噴藥、土壤消毒和種菌消毒3種。針對田間作物噴藥，影響殺菌劑田間防病效果的因素也不外乎藥劑、環境、作物三個方面，但殺菌劑在施用技術上比殺蟲劑和除草劑的施用技術要求更高，尤其要充分了解病害的發生和發展規律，因為病害的發生和發展不像蟲害和草害那樣一目了然。要做到經濟有效地選擇與使用好殺菌劑，確保人身健康和環境安全的同時，最大限度地發揮殺菌劑功效，在實際生產中除了在選購殺菌劑時確保質量，防止假冒偽劣產品，以及不采購國家禁止使用的殺菌劑外，還需注意做好以下幾方面工作。
　　
　　1貫徹“預防為主”的方針
　　
　　“預防為主，綜合防治”是我國病蟲害防治的基本原則。對于病害，其危害特點又不同于蟲害，一旦癥狀顯露或已具有一定的嚴重程度，再大力防治已為時過晚，損失已成定局。因此，無論是系統侵染型還是局部侵染型的病害，都應當在病菌入侵前或進入植物體的初期做好重點防治，阻止其危害。
　　
　　2依據病菌侵染規律，采取相應的防治對策
　　
　　作物病原菌傳播的途徑，按其病原來源及傳播載體的不同可分為：空氣傳播、種子或秧苗帶菌傳播、土壤或土雜肥帶菌傳播、有害昆蟲和螨類傳播等幾大類。如蚜蟲、飛虱等傳播病毒造成的病害（主要是病毒病），則應在帶毒害蟲危害作物前治蟲；種子帶菌傳播的病害，如禾本科作物的黑穗病、蔬菜的軟腐病等，需在播種前進行嚴格種子消毒處理；秧苗帶菌則應先處理秧苗后下田；土傳病害（包括多種線蟲病），大多采用藥劑處理土壤、苗床，如使用多種殺線蟲劑或熏蒸劑等；氣傳病害，大都用常規葉面噴霧、噴粉（包括粉塵劑）的方法，并根據所用的保護劑、內吸劑、治療劑的種類，來決定施藥時間與次數。
　　
　　3根據防治對象和藥劑性質，對癥選藥
　　
　　不同病原菌所引起的作物病害不一樣，發病癥狀也有明顯差別，因此，在選擇殺菌劑藥物時要求針對性強，而且藥效應顯著、持久，不可盲目地追求藥劑的高效、廣譜，甚至“萬能”。如甲霜靈（瑞毒霉）對各種蔬菜霜霉病、早疫病、晚疫病等高效，但不能防治白粉病。同時，各種藥劑的理化性質、生物活性、防治對象等各不相同，當一種防治對象有多種農藥可供選擇時，應選用高效、經濟、安全的品種。
　　
　　4根據病原菌的流行規律及環境條件，確保施藥適期
　　
　　不同病原菌的潛伏期、寄主場所不同，發病初、盛期也各有差異，而且還受外界的環境條件影響，尤其受被侵染作物的生長發育狀況和溫濕度影響較大。因此，在防治某一作物病害時，若能熟悉掌握致病病原菌的生活習性、流行規律及作物生長進度，則可適時做好病害防治，提高防治效果。例如控制條銹病的流行，最好用三唑酮拌麥種；控制穗頸及葉部稻瘟病，用三環唑浸稻秧后栽插；防治麥類赤霉病，關鍵在初花期施藥；蔬菜播種或移栽前，應采取苗房、棚室施藥消毒、土壤處理和藥劑拌種等措施。
　　
　　5選擇合適的施藥濃度和數量
　　
　　殺菌劑的施用量應根據藥劑的品質、劑型和環境因素，結合作物生長情況，依照商品說明書的推薦用量來掌握計算田塊的用藥量和配制濃度，否則會造成作物藥害或者影響防治效果，只要把病害控制在經濟損害水平以下即可，以求得用最少量藥劑達到最好的效果，既省錢又減少污染。如防治白粉病，對于抗病品種或輕發生時只需粉銹寧 45～75 g/hm2（有效成分），而對感病品種或重發生時則需105～150 g/hm2。
　　
　　6輪換或混合施藥，防止抗藥性的發生
　　
　　應避免連續使用一種殺菌劑或在一個生長期連續數次用同一類殺菌劑，以免導致病菌產生抗藥性，使藥效明顯降低，甚至無效。對此應采用輪換用藥、混合用藥、間斷用藥等措施來防止或延緩病害產生抗藥性，而且采用混合用藥方法，還能擴大病害防治范圍。生產中一般采取保護劑與內吸劑交叉使用、噴霧劑與熏煙劑的交叉使用的方法，如生產中內吸劑可與百菌清、代森錳鋅等品種配合或輪換應用；保護地蔬菜病害防治上，可以噴霧交叉使用百菌清煙霧片、粉銹寧煙霧劑等，提高防治效果，減少蔬菜食用器官的藥劑沉積分布。但殺菌劑不能同微生物殺蟲劑（如BT乳劑）混用。
　　
　　7安全用藥，保證人身健康和環境安全
　　
　　亂用殺菌劑會造成對環境、作物、水產品、禽畜的污染；通過食品、飲料、呼吸等渠道進入人體，可以造成人體內某些藥物的積累。因此，任何殺菌劑產品都不得超出其登記批準的使用范圍。同時需要明確的是，殺菌劑使用應根據不同藥劑的最后一次用藥離作物收割的間隔規定使用，沒有到用藥后規定的天數的作物不能收獲，馬上采割的蔬菜作物則不可使用殺菌劑。
　　另外，在利用殺菌劑對田間作物直接噴灑時，應注意自然氣候的影響，防止藥劑失效或造成藥害。如環境溫度、濕度較高時，所用藥劑濃度可適當減小些；對強光下易分解或揮發的藥劑，則應在陰天或傍晚時使用；對粉塵類藥劑，切不可在大風或暴風雨天使用；雨前或雨中禁止使用一切殺菌劑。